1、多肽的兩端應(yīng)如何處理?是保持自由狀態(tài)還是屏蔽起來?

　　答：多肽是用來模擬蛋白的，為了模仿蛋白的表現(xiàn)，我們需要合成與蛋白有相似的結(jié)構(gòu)和電荷的多肽。當(dāng)一條肽段從一個(gè)蛋白中“切出”之后，兩端的電荷數(shù)將與基因體蛋白有差異。我們需要改變合成策略來使他們一致。 總體而言： 如果是出自蛋白C端的序列，通過乙酰化將N端屏蔽; 如果是出自蛋白N端的序列，通過酰胺化將C端屏蔽; 如果是出自蛋白中間部分，用乙酰化和酰胺化將兩端都屏蔽。

　　2、如果肽純度是95%，那么，其余的5%都是些什么物質(zhì)?

　　多肽的純度通常是通過HPLC，用每分鐘1%的標(biāo)準(zhǔn)乙晴梯度來檢測決定的。合成過程中，氨基酸之間的交聯(lián)效率不是總能達(dá)到100%，因而產(chǎn)生一系列的氨基酸缺失的雜質(zhì)。大多數(shù)這樣的氨基酸缺失的雜質(zhì)在純化過程中都被去掉了，但有少數(shù)的雜質(zhì)其色譜表現(xiàn)與目標(biāo)多肽很相近。這些氨基酸缺失的雜質(zhì)肽留在了多肽樣品中就構(gòu)成了余下的幾個(gè)百分點(diǎn)。

　　3、如何重新溶解多肽?

　　多肽的溶解與多肽的序列相關(guān)，首先試蒸餾水和超聲(1-10MG/ML)，如果不溶，計(jì)算肽中的堿性殘基(Lys,Arg,His和自由氨基端)和酸性殘基(Gly,Asp和自由羧基端)的數(shù)目。如果堿性基團(tuán)偏多，可以滴加1N的醋酸，直到溶解為止，如果酸性基團(tuán)居多，滴加1N的氨水，直到溶解為止。如果在實(shí)驗(yàn)中需要用緩沖液，建議在多肽*溶解之前不要加入鹽，因?yàn)辂}會(huì)使肽的溶解度降低。如果上述溶液中肽都不溶，可以試試用少量有機(jī)溶劑如DMSO，乙晴或DMF。

　　4、什么是多肽的凈含量，它的意義是什么?

　　干品多肽的重量中不僅僅包含多肽，還包含有一些非肽的組份，如水，被吸收的溶劑、配位離子和鹽等。肽的凈含量是指肽在其中的重量百分比，這個(gè)百分比的數(shù)值范圍很大，可能從50%到90%，取決于純度、序列以及合成和純化的方法，不要將肽的凈含量和肽的純度混為一談，它們是*不同的兩個(gè)概念。純度通常是由HPLC決定的。純度定義的是多肽樣品中含正確序列的組分的百分比，而肽的凈含量是指樣品中肽類物質(zhì)相對于非肽類物質(zhì)所占的百分比，肽的凈含量通常是用氨基酸組分分析或紫外分光法測定的。這個(gè)信息主要是在一些對肽的濃度很敏感的實(shí)驗(yàn)中，對計(jì)算肽的濃度是很重要的。

　　5、對不同的實(shí)驗(yàn)，如何選擇肽的純度?

　　肽的純度是很重要的指標(biāo)，純度的選擇取決于實(shí)驗(yàn)的目的。對不太靈敏的篩選實(shí)驗(yàn)，建議使用粗品或>75%，對免疫級(jí)別，建議選用>85%。對于受體與LIGAND相互作用的研究，生物ASSAY研究，或細(xì)胞水平的研究，建議>95%，對于結(jié)構(gòu)研究，建議>98%。